המכון להתפתחות הילד במרכז הרפואי שיבא בתל השומר עוסק באבחון ובטיפול של מגוון לקויות התפתחותיות ותסמונות. במכון פועלת מחלקת מחקר בניהולו של ד"ר שפר שחר, ביחד עם צוות של כשלוש חוקרות ואחות מתאמת.
לדברי ד"ר שפר, "אנו רואים את המחקר כחלק בלתי נפרד מההליך האבחוני והטיפולי וכבסיס חשוב לרכישת ידע לגבי איתור, טיפול ומניעה של לקויות התפתחותיות. מטרת יחידת המחקר לקדם את הטיפול בילדים הסובלים מבעיות התפתחותיות באמצעות הערכת טיפולים שונים הן תרופתיים והן התנהגותיים".
במכון מבוצעים מחקרים על ידי סטודנטים לרפואה, פסיכולוגים בשלבי התמחותם ותלמידי מוסמך ממספר רב של אוניברסיטאות ומכללות בארץ ובשיתוף פעולה עם מרכזים רבים בארץ ובעולם.
המחקרים במכון מגוונים ועוסקים במספר נושאים:
מחקרים בתחום האוטיזם - השפעת מדדים טרום ולידתיים על אוטיזם, מחקר על אחאים צעירים לילדים בספקטרום האוטיזם, מחקר הבוחן תחלואה נלווית בקרב הורים לילדים עם לקות בספקטרום האוטיזם, הערכת יכולות לקסיקאליות ודקדוקיות בקרב ילדים בספקטרום האוטיזם בגיל טרום בית ספר, וזיהוי סימנים מוקדמים של אוטיזם בקרב פגים.
מחקרים נוספים בוחנים את יעילותן של תכניות טיפוליות במכון להתפתחות הילד.
מחקרים על תסמונת האיקס השביר –איפיון אוכלוסיית האיקס השביר בישראל וצורכיהם, הבנת הבסיס הביולוגי להפרעות תפקודיות בנשאיות של איקס שביר. ותסמונות נוספות
למחלקה קשרי פעולה עם רוב המוסדות האקדמיים בארץ כגון אוניברסיטת בר אילן, אוניברסיטת תל אביב, אוניברסיטת אריאל וגם עם מוסדות אקדמיים מובילים מחו"ל כגון אוניברסיטת קיימבריג'. כמו כן יש למחלקה שיתופי פעולה עם מחלקות בבית החולים שיבא עצמו כגון מחלקת גניקלוגיה ויולדות, ושיתוף פעולה עם העמותה לתסמונת האיקס השביר בישראל ומקומות נוספים.
המחקרים נערכים על פי כללי ועדת הלסינקי לביקורת על שמירה על זכויות המשתתפים במחקרים. כל פרטי המשתתפים במחקר או המבררים אודות אפשרות להשתתף במחקרים נשארים חסויים ומוגנים.